Recommendations for Laboratory Detection and Diagnosis of Arbovirus Infections in the Region of the Americas

Human infection with arboviruses, such as dengue, yellow fever, chikungunya and zika, occurs through the bite of blood-sucking arthropods (mosquitos, ticks and midges, among others). There are more than 100 types of arboviruses and the infections they trigger range in severity from asymptomatic to life-threatening. In addition, constant evolution of many of these viruses have generated different genotypes and viral variants that migth eventually impact the public health systems. Outbreaks caused by these viruses are increasingly common throughout tropical and sub-tropical regions, including much of the Americas, making them an issue of international concern. According to the World Health Organization, almost 4 billion people live in areas where arboviruses are current public health threats. This publication provides technical recommendations for public health laboratories involved in arbovirus diagnostic and surveillance. It covers the types of specimens most useful for diagnosing infections; lists minimum clinical datasets for sample labelling and analysis; and describes best practices for processing and handling of samples, along with recommended workflows and biosafety considerations. The most appropriate tests for each of the most common arboviruses are presented with recommended diagnostic algorithms. Both direct diagnostic methods – through genome detection, antigen detection and viral isolation – and indirect serological methods (which detect the immune response to viral infection rather than the virus itself) are included. In addition to its primary target audience of public health laboratory staff, this publication will be also useful to research centers that identify arboviral infections as part of their research.

Presença de mutações no gene BRAF e outros oncogenes e associação com características clínicas e epidemiológicas em pacientes com melanoma metastático / Presence of risk in the BRAF gene and other oncogenes and association with clinical and epidemiological characteristics in patients with metastatic melanoma

Embora o melanoma seja representado por apenas cerca de 5% dos casos de tumores malignos de pele, é responsável pela ampla maioria de óbitos relacionados a tumores cutâneos. Seu desenvolvimento está principalmente associado à presença de mutações em oncogenes específicos, como BRAF, c-KIT e PDGFRA, os quais estão relacionados ao metabolismo celular. OBJETIVOS: Avaliar retrospectivamente a presença de mutações nos genes BRAF (éxons 15), C-KIT (éxons 9,11,13 e 17) e PDGFRA (éxons 12 ,14 e 18) e correlacionar os resultados com as características clínicas e epidemiológicas e desfecho dos pacientes. METODOLOGIA: Foi realizado um estudo retrospectivo de 94 pacientes com melanoma metastático atendidos no Hospital Amaral Carvalho entre os anos de 2015 a 2022, de acordo com as seguintes variáveis: idade ao diagnóstico, gênero, cor, local do tumor primário, local de metástase, subtipo histológico de melanoma, dosagem de LDH, positividade para marcadores de imuno-histoquímica, espessura, presença de ulceração, metástase no linfonodo ao diagnóstico do tumor primário, espessura Breslow, classificação Clark, índice mitótico e desfecho (óbito, sobrevida). RESULTADOS: A maioria dos pacientes eram do sexo masculino (52,1%), de cor branca (97,9%) e com idade acima de 60 anos (42,5%). O subtipo histológico mais encontrado foi o extensivo superficial (42,5%), sendo os membros inferiores o local mais acometido (35,1%). O nível IV de Clark (39,4%) e índice de Breslow acima de 4mm (33,0%) foram os mais prevalentes. A maior parte dos tumores não apresentou ulceração (53,2%) e mais da metade dos pacientes apresentou mais de uma mitose por mm² (47,9%). A dosagem de desidrogenase láctica (LDH) se manteve dentro da normalidade na maioria dos pacientes no momento do diagnóstico (43,6%) e no surgimento de metástases (30,9%). Todos os pacientes apresentaram ao menos uma metástase, sendo os linfonodos regionais o local de maior incidência. A maioria dos pacientes faleceu em decorrência da doença (66,0%). A análise de BRAF apresentou significância estatística para as variáveis idade ao diagnóstico (p= 0,0085), tipo histológico (p= 0,048) e nível de Clark (p= 0,0290). A mediana de sobrevivência para pacientes com mutações em BRAF foi de 62 meses e 50 meses para aqueles que não apresentaram mutações. Não foram encontradas significâncias estatísticas entre c-KIT e as variáveis analisadas. A mediana de sobrevivência para pacientes com mutações em c-KIT foi de 38 meses e 70 meses para aqueles que não apresentaram mutações. CONCLUSÕES: A presença de mutação em BRAF esteve associada à menor idade e menores índices de Clark, e relacionada à ligeira maior sobrevida. O contrário foi observado para mutações em c-KIT, apesar da ausência de significância estatística: uma ligeira menor sobrevida foi observada em pacientes mutados. O LDH não esteve bem correlacionado à presença do melanoma metastático ao se apresentar normal na maioria dos casos. Grande parte dos pacientes tiveram o tumor primário localizado nos membros inferiores, diferentemente do relatado por outros estudos, e apesar de não significante, os tumores de tronco foram em sua maioria mutados para BRAF, e o oposto observado em membros inferiores e superiores. Assim, o papel prognóstico da mutação em BRAF na progressão da doença é ainda controverso. Tais dados podem fornecer mais informações para a adequação de protocolos de prevenção e tratamento de pacientes acometidos por melanoma.

INTRODUCTION: Although melanoma is represented by only about 5% of cases of malignant skin tumors, it is responsible for the vast majority of deaths related to skin tumors. Its development is mainly associated with the presence of mutations in specific oncogenes, such as BRAF, c-KIT and PDGFRA, which are related to cell metabolism. OBJECTIVES: Retrospectively evaluate the presence of mutations in BRAF (exons 15), C-KIT (exons 9,11,13 and 17) and PDGFRA (exons 12, 14 and 18) genes and correlate the results with the clinical and epidemiological characteristics and patient outcomes. METHODS: A retrospective study of 94 patients with metastatic melanoma treated at Hospital Amaral Carvalho between the years 2015 to 2022 was carried out, according to the following variables: age at diagnosis, gender, color, site of primary tumor, site of metastasis, histological subtype of melanoma, LDH dosage, positivity for immunohistochemical markers, thickness, presence of ulceration, lymph node metastasis at diagnosis of the primary tumor, Breslow thickness, Clark classification, mitotic index and outcome (death, survival). RESULTS: Most patients were male (52.1%), white (97.9%) and aged over 60 years (42.5%). The most common histological subtype was superficial extensive (42.5%), with the lower limbs being the most affected site (35.1%). Clark's level IV (39.4%) and Breslow thickness above 4mm (33.0%) were the most prevalent. Most tumors did not show ulceration (53.2%) and more than half of the patients had more than one mitosis per mm² (47.9%). The lactate dehydrogenase (LDH) dosage remained within the normal range in most patients at the time of diagnosis (43.6%) and at the onset of metastases (30.9%). All patients had at least one metastasis, with regional lymph nodes being the site with the highest incidence. Most patients died as a result of the disease (66.0%). BRAF analysis showed statistical significance for the variables age at diagnosis (p= 0.0085), histological type (p= 0.048) and Clark's level (p= 0.0290). Median survival for patients with BRAF mutations was 62 months and 50 months for those without mutations. No statistical significance was found between c-KIT and the analyzed variables. The median survival for patients with c-KIT mutations was 38 months and 70 months for those without mutations. CONCLUSIONS: The presence of a BRAF mutation was associated with younger age and lower Clark scores, and related to slightly longer survival. The opposite was observed for mutations in c-KIT, despite the absence of statistical significance: a slightly lower survival was observed in mutated patients. LDH was not well correlated with the presence of metastatic melanoma as it was normal in most cases. Most of the patients had the primary tumor located in the lower limbs, unlike what has been reported by other studies, and although not significant, the trunk tumors were mostly mutated to BRAF, and the opposite was observed in the lower and upper limbs. Thus, the prognostic role of the BRAF mutation in disease progression is still controversial. Such data may provide more information for the adequacy of prevention and treatment protocols for patients affected by melanoma.

Curso de Introducción a los principios y métodos epidemiológicos: Orientación Clínica y Orientación Crítica - Bloque de Formación Común 2022

Encuentro de presentación del curso, destinado a residentes de cualquier especialidad del Sistema de Residencias de la Provincia de Buenos Aires, cuyo fundamento es pensar a la epidemiología como "el estudio de la distribución y los determinantes de estados o eventos, (en particular de enfermedades) relacionados con la salud y la aplicación de esos estudios al control de enfermedades y otros problemas de salud". En este sentido y, a modo de introducción de la capacitación, Mario Rovere aborda los siguientes aspectos para la reflexión: dimensión individual - colectiva de la epidemiología, ¿por qué y para qué estudiamos epidemiología?, aportes a la clínica, vigilancia y pensamiento epidemiológico, su relevancia frente a los cambios constantes en los problemas de salud - pandemias visibles e invisibles. Luego, Alicia Lawrynowicz, coordinadora del curso, además de informar sobre cuestiones administrativas y formales de la capacitación, aclara que ésta constará de dos formaciones: Introducción a los Principios y Métodos Epidemiológicos: Orientación Epidemiología Clínica y una segunda con Orientación en Epidemiología Crítica. Sobre el primer curso los contenidos de los diferentes módulos serán: Módulo 0: Familiarización con la propuesta curso: Introducción a los principios y métodos epidemiológicos; Módulo 1: El enfoque epidemiológico de la salud y la enfermedad; Módulo 2: Descripción y búsqueda de las causas de la salud y enfermedad; Módulo 3: Principios básicos de la Epidemiología Clínica. El diagnóstico. En tanto que, en referencia a la Orientación en Epidemiología Crítica, su composición será: Módulo 0: Familiarización con la propuesta curso: Introducción a los principios y métodos epidemiológicos, Módulo 1: El enfoque epidemiológico de la salud y la enfermedad, Módulo 2: Descripción y búsqueda de las causas de la salud y enfermedad, Módulo 3: Bases conceptuales de la Epidemiología Crítica y Determinantes y determinaciones del P-S-E-A-C, Módulo 4: Desigualdades en salud. Espacio territorio.

Recomendaciones para la detección y el diagnóstico por laboratorio de infecciones por arbovirus en la Región de las Américas

La infección causada en el ser humano por los arbovirus, como los del dengue, la fiebre amarilla, el chikunguña y el Zika, se produce a través de la picadura de artrópodos hematófagos (mosquitos, garrapatas y jejenes, entre otros). Hay más de 100 tipos de arbovirus y la gravedad de las infecciones que estos desencadenan varía desde asintomática hasta potencialmente mortal. Los brotes causados por estos virus son cada vez más comunes en las regiones tropicales y subtropicales, incluida gran parte de la Región de las Américas, lo que los convierte en un tema de preocupación a nivel internacional. Según la Organización Mundial de la Salud, casi 4000 millones de personas viven en zonas donde los arbovirus plantean actualmente una amenaza para la salud pública. En esta publicación se presentan recomendaciones técnicas para los laboratorios de salud pública que participan en el diagnóstico y la vigilancia de los arbovirus. En ella se incluyen los tipos de muestras más útiles para diagnosticar infecciones; se enumeran los conjuntos de datos clínicos mínimos para la rotulación y el análisis de muestras; y se describen las mejores prácticas para el procesamiento y la manipulación de muestras, junto con los flujos de trabajo recomendados y las consideraciones de bioseguridad. Las pruebas más adecuadas para cada uno de los arbovirus más comunes se presentan con los algoritmos recomendados para el diagnóstico. Se incluyen tanto los métodos de diagnóstico directo, a través de la detección genómica, la detección de antígenos y el aislamiento de los virus, como los métodos serológicos indirectos (que no detectan al virus en sí sino la respuesta inmunitaria a la infección viral). Además de estar dirigida al personal de los laboratorios de salud pública, su público destinatario principal, esta publicación también será útil para los centros de investigación que detectan infecciones por arbovirus como parte de sus tareas de investigación.

Epidemiologia clínica homeopática na COVID-19: parte 2

“Epidemiologia Clínica Homeopática na COVID-19 - Parte 2” com o Dr. Marcus Zulian Teixeira. Dr. Marcus Zulian Teixeira é engenheiro agrônomo (ESALQ) e médico formado da Universidade de São Paulo (FMUSP), Pós-Graduado em Medicina Homeopática pela APH e título de Especialista pela AMHB. Doutorado em Ciências Médicas pela FMUSP. Coordenador e pesquisador da disciplina “Fundamentos da Homeopatia” da FMUSP desde 2003. Pós-doutorado também pela FMUSP.

Epidemiologia clínica homeopática na COVID-19: parte 1

O tema da nossa live da semana será “Epidemiologia Clínica Homeopática na COVID-19 - Parte 1” com o Dr. Marcus Zulian Teixeira, PhD, FMUSP. Marcus Zulian Teixeira é engenheiro agrônomo formado pela ESALQ e médico formado da Universidade de São Paulo (FMUSP), Pós-Graduado Lato Sensu em Medicina Homeopática pela APH com título de Especialista em Homeopatia conferido pela AMHB. Doutorado em Ciências Médicas pela FMUSP. Coordenador e pesquisador da disciplina “Fundamentos da Homeopatia” (MCM0773) da FMUSP desde 2003. Pós-doutorado também pela FMUSP.